Khác biệt chung nhất, dễ nhận thấy nhất của nước mắm Phan Thiết so với nước mắm Phú Quốc và các vùng khác là màu vàng rơm (nếu nguyên liệu là cá cơm) hay màu nâu nhạt (cá nục), trong sánh, có mùi thơm nồng và vị ngọt đậm do đạm cao [5]. Khác biệt đó của nước mắm Phan Thiết được giải thích vì quá trình ủ chượp dưới trời nắng và gió - nhiệt độ trung bình cao, độ ẩm thấp tác động tích cực đến cơ chế lên men - điều mà khó có địa phương nào được ưu đãi như vùng cực Nam Trung bộ.

Ngay trong làng nghề nước mắm ở Phan Thiết, cũng có 3 khu vực sản xuất nước mắm ít nhiều khác nhau:

• Khu vực phường Thanh Hải: Chủ yếu là các hàm hộ (nhà làm nước mắm) nhỏ, sản phẩm nước mắm vừa mặn, có màu cánh gián đẹp (nhưng để lâu dễ bị xuống màu), độ đạm trung bình. Tại đây còn sản xuất ra các sản phẩm gốc mắm như: mắm nêm, mắm tôm, mắm ruốc...
• Khu chế biến nước mắm Phú Hài: Đây là khu vực sản xuất quy mô tương đối lớn, sản phẩm nước mắm có độ mặn truyền thống.
• Khu vực phường Hàm Tiến-Mũi Né: nước mắm tại khu vực này có thể nói là tốt nhất vì nguyên liệu làm từ cá cơm và không có phụ gia. Tuy nhiên, sản phẩm sản xuất ra rất hạn chế.